一、未申报纳税
发生股权转让行为但不申报缴纳相应税款的，股权转让双方属于不缴应纳税款的偷税行为，将会受到相应税务行政处罚，被投资企业若未履行报送材料的义务，亦有可能受到行政处罚。
1.股权受让方
股权受让方作为签署股权转让协议的一方主体，依法属于印花税的纳税义务人应当依法申报并缴纳印花税，未按期申报并缴纳的将受到补缴应纳税款并被处以罚款的行政处罚；其同时作为股权出让方缴纳个人所得税的扣缴义务人，未履行扣缴义务，未按期申报的，根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则有关规定将受到行政处罚，可能被处以未申报税款的罚款处罚。
2.股权出让方
股权出让方作为签署股权转让协议的一方主体，依法属于印花税的纳税义务人应当依法申报并缴纳印花税，未按期申报并缴纳的将受到补缴应纳税款并被处以罚款的行政处罚；其同时作为股权出让方缴纳个人所得税的纳税义务人，未履行纳税申报义务，未按期缴纳税款的，将受到补缴相应税款并处以罚款的行政处罚。
3.被投资企业
被投资企业在其自然人股东发生变化时具有履行报送相关资料的义务。根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第二十二条第一款“被投资企业应当在董事会或股东会结束后5个工作日内，向主管税务机关报送与股权变动事项相关的董事会或股东会决议、会议纪要等资料。”
该条第二款规定“被投资企业发生个人股东变动或者个人股东所持股权变动的，应当在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的《个人所得税基础信息表（A表）》及股东变更情况说明。”被投资企业在其自然人股东发生变化时未依法履行报送相关资料义务的，根据管理办法第二十七条，将依照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则有关规定处理。
随着税收征管的深化改革，税务机关与工商部门逐步落实和完善股权信息交换制度，个人股权转让信息自动交互机制的广泛推行，纳税人想要通过不申报纳税逃避税款的目的将无法实现，否则将面临虽转让股权但不办理变更登记的法律风险。
二、股权转让价款存疑
根据实践经验，股权转让价款存疑可能表现为0元转让、1元转让、等额转让、企业盈利但转让价格不合理的折价转让、同一企业短期内股权转让存在较大差异等情形，若股权转让价款存疑，可能引发税务机关核定征收的情形。
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十二条列举了股权转让收入明显偏低的六种情形：
（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；
（二）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
（三）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；
（四）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；
（五）不具合理性的无偿让渡股权或股份；
（六）主管税务机关认定的其他情形。
并非只要价格不合理即引发税务机关核定征收，若纳税人能够证明该价格明显偏低是基于正当理由，则税务机关将以股权转让双方意定的价款予以计算应纳税额，根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第十三条，纳税人能够证明存在如下情形的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
（一）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
（二）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
（三）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
三、虚假申报纳税、提供资料不完整
纳税人存在虚假申报纳税，办理股权转让纳税或扣缴申报时提供的资料不完整，引发税务机关合理怀疑的将可能成为税务稽查重点对象，如不能提供完整且准确的股权原值证明材料；提供的股权转让合同内容可能引发偷逃税款合理怀疑的，如载明“双方实际股权转让价款以实际付款为准”等内容；依法应当进行资产评估但未能提供或拒不提供有效的资产价值评估报告的；股权转让价款明显偏低但不能提供有效的证明材料等情形。
四、频繁股权转让行为
根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》，各地税务机关加强个人股权转让的动态管理，建立股权转让个人所得税电子台账，将自然人股东的相关信息录入征管信息系统，强化对每次股权转让间股权转让收入和股权原值的审核，同时伴随个人股权转让信息自动交互机制在全国范围的广泛推行，同一自然人股东在一定期限内频繁发生股权转让行为或同一企业或关联企业的股权一定期限内频繁被转让的，将被识别并作为税务稽查重点对象。
五、企业发生注册资本变动
当企业发生注册资本变动时，可能涉及引入投资者导致注册资本增加亦可能通过资本公积转增股本，或企业减少注册资本时，可能引发自然人股东个人所得税纳税义务的产生，因此当企业注册资本发生变化时，可能成为税务稽查的重点对象。
如北京某企业股本由875万元增加至7000万元，6125万元为资本公积转增股本，有7名自然人股东的股本由540万元增加到4320万元，但无缴纳相关个人所得税的记录。稽查局对税务登记中注册资本增加没有缴纳印花税记录的企业开展约谈时，发现该企业上述情况。企业认为：按照198号文件规定的“股份制企业用资本公积金转增股本，不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税”，以及289号文件关于“‘资本公积金’是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。
该转增股本的资本公积，属于股本溢价发行形成的资本公积，不应缴纳个人所得税。检查人员检查发现，该企业资本公积形成于2013年，是一家医药公司直接股权投资形成的，没有股票发行过程，属于投资者投入形成的资本公积增加，而非股票溢价发行形成，不符合上述文件的要求，应缴纳个人所得税，最终做出补缴个人所得税756万元，罚款378万元的处罚决定。
六、交易双方因股权转让发生纠纷
交易双方因股权转让事宜发生纠纷，引发诉讼或仲裁时，可能导致税务机关对该股权转让行为的重点关注。
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